Trägerin des Hauses ist die rechtlich selbstständige Stiftung Jugendgästehaus Dachau. Sie wird aus Mitteln des Freistaates Bayern (60%), der Stadt Dachau (20%) und des Landkreises Dachau (20%) finanziert. Die Betriebsführung ist dem Deutschen Jugendherbergswerk, Landesverband Bayern e.V. übertragen. Für die Programmentwicklung und Durchführung der Bildungsaufgaben ist ein Pädagogisches Team verantwortlich, das sich zurzeit aus der Pädagogischen Leitung, einer Pädagogischen Mitarbeiterin und einer Sachbearbeiterin zusammensetzt. Sie werden dabei von freien Mitarbeiter/innen unterstützt. Dem Vorstand der Stiftung gehören der Amtschef des Staatsministeriums für Unterricht und Kultus (StMUK) als Vorsitzender sowie der Oberbürgermeister der Stadt Dachau, der Landrat des Landkreises Dachau und ein Vertreter des Staatsministeriums für Finanzen an. Das Staatsministerium für Unterricht und Kultus führt auch die Geschäfte.
Die inhaltliche Arbeit wird von einem Stiftungsbeirat begleitet. In ihm sind Repräsentant/innen folgender Verbände und Institutionen vertreten: